Diều ăn rắn được họa sĩ minh họa người Anh là John Frederick Miller miêu tả lần đầu tiên năm 1779[3], 4 năm sau đó nó được nhà tự nhiên học người Pháp là Johann Hermann gán vào chi của chính nó là Sagittarius trong sách Tabula Affinatum Animalium của ông[4]. Cho tới năm 1935 loài này mới được di chuyển sang họ của chính nó, khác biệt với các loài chim săn mồi còn lại — một phân loại được xác nhận nhờ hệ thống hóa phân tử[5]. Phân tích phát sinh chủng loài hình thái của Mayr G. và Clarrke J. (2003) chỉ ra rằng họ Sagittariidae là nhánh cổ hơn trong chim săn mồi ban ngày so với Accipitridae và Falconidae, nhưng là sự rẽ nhánh trẻ hơn so với Cathartidae[6], nhưng mức độ hỗ trợ tự trợ không đủ mạnh. Phân tích của Hackett và ctv (2008) cho thấy các loài cắt không có quan hệ họ hàng gần với các loài chim săn mồi còn lại, thay vì thế chúng có quan hệ họ hàng gần với các loài vẹt (Psittaciformes) và sẻ (Passeriformes), nhưng vẫn tái lập mối quan hệ [Cathartidae [Sagittariidae [Pandionidae + Accipitridae] ] ][7].

Đôi khi, loài chim kỳ dị khó hiểu đã tuyệt chủng là Eremopezus cũng được phân loại như là họ hàng sớm của diều ăn rắn, mặc dù điều này là hoàn toàn không chắc chắn do loài chim này chỉ được biết đến qua một vài bộ phận còn sót lại của cơ thể như chân. Các hóa thạch sớm nhất gắn với họ này là 2 loài từ chi Pelargopappus. Tuy nhiên, hai loài này, tương ứng với niên đại thuộc thế Oligocen và thế Miocen, lại không được phát hiện ở châu Phi mà là tại Pháp. Chân của các hóa thạch này giống như chân của các loài trong họ Accipitridae; và điều này gợi ý rằng các đặc trưng này là đặc trưng nguyên thủy trong phạm vi bộ Ưng. Nhưng mặc cho niên đại của chúng, người ta không nghĩ rằng 2 loài này là tổ tiên của diều ăn rắn[8].

Tên gọi khoa học của chi "Sagittarius" là từ trong tiếng La tinh để chỉ "người bắn cung", có lẽ là do so sánh lông ống của diều ăn rắn với bao đựng mũi tên, còn tên định danh loài "serpentarius" gợi nhớ tới kỹ năng của loài chim này trong việc săn bắt các động vật bò sát[9].

Tên gọi thông thường của loài chim này trong một số ngôn ngữ phương Tây như tiếng Anh (Secretarybird), tiếng Nga (Птица-секретарь), tiếng Tây Ban Nha (Secretario), tiếng Pháp (Secrétaire), tiếng Đức (Sekretär) hay thậm chí một tên gọi khác trong tiếng Trung (秘書鳥, bí thư điểu) đều có nghĩa đen là "chim bí thư, chim thư ký", nói chung được coi là xuất phát từ chòm lông mào dài trông giống như lông ống, gợi nhớ tới những cái bút lông ngỗng giắt bên tai của các vị thư ký ngày xưa. Tuy nhiên, một giả thuyết gần đây cho rằng phần tên gọi mang nghĩa "thư ký" này là sự vay mượn từ sửa đổi sai lạc trong tiếng Pháp của cụm từ saqr-et-tair trong tiếng Ả Rập để chỉ "chim săn mồi"[10]